Cho đến đầu thế kỷ 14, Mạc phủ Kamakura của gia tộc Hōjō đang ở trong tình thế lộn xộn-những nỗ lực để chống lại những cuộc xâm lược của Đế quốc Mông Cổ trong các năm 1274 và 1281 rất tốn kém, và Shogun không thể ban thưởng cho người đứng đầu các tỉnh đã tập hợp lại dưới trướng ông.

Năm 1318 Thiên hoàng Go-daigo thuộc chi thứ của Hoàng gia lên ngôi, nhưng miễn cưỡng phải thoái vị dưới sức ép của chi trưởng vì quyết tâm lật đổ Mạc phủ. Ông bị lưu đày năm 1331, và những người ủng hộ ông như các võ sỹ tại các tỉnh như Kusunoki Masahige tiếp tục đấu tranh, năm 1333, Mạc phủ bị tiêu diệt khi Ashikaga Takauji quay lưng lại với họ. Go-daigo trở về kinh đô Kyoto thuyết phục rằng những ngày của Shogun cùng những kẻ tiếm quyền khác đã qua và Thiên hoàng có thể lại thống trị không chỉ trên danh nghĩa mà cả thực quyền một lần nữa.

Tuy vậy, triều Go-daigo không hề có kinh nghiệm quản lý lẫn quyền lực tại các tỉnh để giải quyết thực tế của một xã hội do các võ sĩ làm chủ. Thiên hoàng Go-daigo từ chối bổ nhiệm Ashikaga Takauji làm Shogun (Chinh di Đại tướng quân) kể cả khi ông trực tiếp yêu cầu năm 1335, và khi ông giao tranh với Ashikaga Takauji năm 1336, kết quả không còn nghi ngờ gì nữa. Ông chạy về phương Nam, từ Kyoto đến Yoshino, trong khi Takauji thiết lập một Mạc phủ mới tại kinh đô Kyoto, gọi là Mạc phủ Muromachi, đánh bại những người trung thành còn lại trong trận đánh gần Kobe, và đưa một Thiên hoàng bù nhìn lên ngôi. Điều này mở đầu cho sự phân ly của hai nhánh thù địch trong Hoàng gia kéo dài cho đến năm 1392. Gia tộc Ashikaga của Takauji nắm ngôi Shogun trong suốt thời Muromachi.

Tân chính Kemmu thất bại, nhưng nó vẫn để lại tư tưởng về Đế quyền, cuối cùng sẽ chấm dứt kỷ nguyên thống trị của các Tướng quân vào năm 1868 với cuộc Minh Trị Duy Tân 5 thế kỷ sau đó.